Un même objet biographique sous l'angle de plusieurs approches méthodologiques

Joseph LARMARANGE — 2018-10-19T14:03:53Z

Communication orale présentée le 18 octobre 2018 à Paris dans le cadre du colloque Parcours de vie et santé : apports des méthodes biographiques en santé publique.
L'ensemble des analyses et le code correspondant est disponible sur http://larmarange.github.io/analyse-R/trajectoires-de-soins.html Référence
Larmarange Joseph (2018) « Un même objet biographique sous l'angle de plusieurs approches méthodologiques » (communication orale), présenté à Parcours de vie et santé : apports des (…)

- Communications / Méthodologie, Mesure des indicateurs, Accès aux soins, Représentativité et Biais, Régression logistique, Démographie, Programmation / Code, Analyse de séquences, Classification hiérarchique, Cascade des soins, Approches biographiques

Où couper un dendrogramme ?

Joseph LARMARANGE — 2013-11-03T19:43:41Z

La fonction best.cutree est maintenant disponible dans la package JLutils.

Dans le cadre d'une classification hiérarchique, il n'est pas toujours aisée de déterminer le nombre adéquat de classes à retenir.

Le package FactoMineR, dans le cadre de sa fonction HCPC, suggère d'utiliser la partition ayant la plus grande perte relative d'inertie. La fonction best.cutree ci-dessous permet de calculer ce critère à partir de n'importe quel dendrogramme, qu'il ait été calculé avec hclust ou agnes.

best.cutree <- function(hc, min=3, max=20, loss=FALSE, graph=FALSE, ...){ if (class(hc)!="hclust") hc <- as.hclust(hc) max <- min(max, length(hc$height)) inert.gain <- rev(hc$height) intra <- rev(cumsum(rev(inert.gain))) relative.loss = intra[min:(max)]/intra[(min - 1):(max - 1)] best = which.min(relative.loss) names(relative.loss) <- min:max if (graph) { temp <- relative.loss temp[best] <- NA best2 <- which.min(temp) pch <- rep(1, max-min+1) pch[best] <- 16 pch[best2] <- 21 plot(min:max, relative.loss, pch=pch, bg="grey75", ...) } else { if (loss) relative.loss else best + min - 1 }
}

hc : dendrogramme renvoyé par hclust ou agnes
min : nombre minimum de classes
max : nombre maximum de classes
loss : si égal à TRUE, renverra la liste des pertes d'inertie relatives plutôt que la meilleure partition
graph : si égal àTRUE, affichera un graphique des pertes d'inertie relatives, la meilleure partition étant représentée par un point noir et la seconde par un point gris

Exemples :

R> best.cutree(arbre)
[1] 5 R> best.cutree(arbre,loss=TRUE) 3 4 5 6 7 0.9112290 0.9046093 0.8985344 0.9081087 0.9131271 8 9 10 11 12 0.9223434 0.9542413 0.9569882 0.9626851 0.9667498 13 14 15 16 17 0.9744444 0.9751951 0.9808652 0.9813681 0.9814403 18 19 20 0.9818613 0.9819599 0.9819514 R> best.cutree(arbre,graph=TRUE)

Joseph Larmarange

Un même objet biographique sous l'angle de plusieurs approches méthodologiques

Où couper un dendrogramme ?