Joseph Larmarange

Décrire les épidémies, Comprendre les populations : une démographie du VIH en Afrique subsaharienne

Joseph LARMARANGE — 2022-10-14T06:38:12Z

Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 12 octobre 2012 par Joseph Larmarange à l'Université Paris Cité.
Décrire les épidémies, Comprendre les populations : une démographie du VIH en Afrique subsaharienne
Joseph Larmarange Démographie. Université Paris Cité, 2022 HDR tel-03814024

- Publications / Afrique subsaharienne, ATLAS, CAP-CoV-Soignants-BF, DOD-CI (ANRS 12287 / 12323), ELIHoS (ANRS 12139), PrEP CI (ANRS 12361), Prévalences du VIH (ANRS 12114), prevR, PRINCESSE, TasP (ANRS 12249), Afrique du Sud, Burkina Faso, Côte d'Ivoire, Mali, Sénégal, Accès aux soins, Analyse de séquences, Approches biographiques, Approches communautaires, Autotests VIH, Cartographie, Cascade des soins, Comparaison de cohortes, Comportements sexuels, Démographie, Dépistage, EDS (Enquêtes Démographiques et de Santé), Enquêtes par téléphone, Enseignement académique, Lien vers les soins, Épidémiologie, Essais cliniques, Estimateurs à noyau (kernel density estimation), Femmes enceintes, Financement des programmes, Hépatites virales, Homo / Bisexualités, Identités sexuelles, Incidence du VIH, Interpolation spatiale, IST (Infections Sexuellement Transmissibles), Itinéraires thérapeutiques, Masculinités, Ménages, Mesure d'impact, Mesure des indicateurs, Méthodologie, Migrations, Observatoire de population, Partenaires sexuel(le)s, PrEP, Prévalence du VIH, Prévention, Prise en charge, Recherche interventionnelle, Recherche participative/communautaire, Recrutement « boules de neige », Représentations / Perceptions, Représentativité et Biais, Santé publique, Santé sexuelle, Structure des populations, Structures de santé, Surveillance sentinelle, Téléphones mobiles, Temporalités, Traitement antirétroviral (ARV), Travail du sexe, Treatment as Prevention (TasP), Universal Test & Treat (UTT), Usageres de drogue, VIH / SIDA

Méthodes pour cartographier les tendances régionales de la prévalence du VIH à partir des Enquêtes Démographiques et de Santé (EDS)

Joseph LARMARANGE — 2011-06-16T16:16:00Z

Larmarange Joseph, Vallo Roselyne, Yaro Seydou, Msellati Philippe, Méda Nicolas (2011). “Méthodes pour cartographier les tendances régionales de la prévalence du VIH à partir des Enquêtes Démographiques et de Santé (EDS)”, Cybergeo : European Journal of Geography, 539 (http://cybergeo.revues.org/23782 doi=10.4000/cybergeo.23782), RIS, BibTeX.

Larmarange Joseph, Vallo Roselyne, Yaro Seydou, Msellati Philippe, Méda Nicolas (2011). “Methods for mapping regional trends of HIV prevalence from Demographic and Health Surveys (DHS)”, Cybergeo : European Journal of Geography, 558, doi: 10.4000/cybergeo.24606 (http://cybergeo.revues.org/24606), RIS, BibTeX.

Auteurs

Joseph Larmarange
CEPED (UMR 196 Paris Descartes INED IRD), IRD, France.
Roselyne Vallo
Université de Montpellier I / INSERM U 1058 / Départements d'information médicale et d'anatomie cytologie pathologiques, CHU Montpellier, France.
Seydou Yaro
Centre Muraz, Burkina Faso.
Philippe Msellati
UMI 233 IRD/Université de Montpellier I, France.
Nicolas Méda
Centre Muraz, Burkina Faso.

Résumé

Pour de nombreux pays, en particulier en Afrique subsaharienne, les Enquêtes Démographiques et de Santé (EDS) constituent la principale estimation de la prévalence du VIH au niveau national et en population générale. Plusieurs EDS collectent la longitude et la latitude des grappes enquêtées.

Dans cet article, nous présentons trois approches méthodologiques pour cartographier les variations spatiales de la prévalence du VIH à partir des EDS. Ces approches sont appliquées à des simulations d'EDS échantillonnées à partir d'un pays modèle. Les surfaces estimées sont alors comparées à la surface initiale du modèle.

Nous montrons qu'une méthode utilisant des estimateurs à noyau à fenêtres adaptatives de même effectif permet d'estimer les principales tendances régionales des épidémies. Son application aux données de l'EDS 2003 du Burkina Faso fournit une image plausible de la situation épidémiologique dans ce pays.

Mots-clés

Interpolation, interpolation par noyaux, tendances régionales, méthodologie, enquêtes démographiques et de santé, pays en développement, VIH.

Title

Methods for mapping regional trends of HIV prevalence from Demographic and Health Surveys (DHS)

Abstract

For many countries, in particular in sub-Saharan Africa, Demographic and Health Surveys (DHS) are the main estimates of HIV prevalence at national level in general population. Several DHS collect longitude and latitude of surveyed clusters.

In this paper, we present three methodological approaches for mapping spatial variations of HIV prevalence from DHS. These approaches are applied to DHS simulation sampled from a model country. The estimated surfaces are then compared with the initial surface of the model.

We show that a method using kernel estimators with adaptive bandwidths of the same number of observed people allows estimating main regional trends of the epidemics. Its application to data from 2003 DHS of Burkina Faso give a plausible picture of the epidemiological situation in this country.

Key-words

Interpolation, kernel interpolation, regional trends, methodology, demographic and health surveys, developing countries, HIV.

Remerciements

Ce travail a bénéficié du support financier de l'Agence Nationale de Recherche sur le VIH/Sida et les hépatites virales (projet ANRS 12114).

Voir en ligne / See online

Mapping HIV prevalence in Africa for a better understanding of epidemics : example from Burkina Faso using 2003 demographic and health survey data

Joseph LARMARANGE — 2010-07-30T11:31:00Z

Poster presented at the XVIII International AIDS Conference in Vienna (18-23 July 2010). This poster received the IAS/ANRS Young Investigator Award.

Authors

J. Larmarange, R. Vallo, S. Yaro, P. Msellati, N. Méda, B. Ferry

Abstract

Backgrounds

Since 2001, several Demographic and Health Surveys (DHS) include HIV testing. We developed a generic approach to map spatial trends of HIV prevalence from DHS (free software online). We present how our results from Burkina Faso 2003 DHS shed new light on HIV epidemics.

Methods

An estimation is made of regional spatial trends of HIV prevalence for each surveyed cluster by aggregating data from neighbouring clusters, using rings of the same number of tested persons and taking into account main urban agglomerations. The map is then generated by spatial interpolation.

Results

This map is coherent with the knowledge we had of HIV epidemic in this country. Prevalence is higher in main cities and small cities along main roads.

The region around Diébougou and Gaoua was particularly affected, a data which had not shown on antenatal surveillance. In addition to its proximity to Ivory Coast and Ghana, it is a major gold-washing zone which also has lot of migrant men and sex workers.

The map showed similarities with migration areas in the 80's and 90's and with repatriate returns from Ivory Coast at the end of 2002 and beginning of 2003.

Lastly, our results diverge from antenatal surveillance around Kaya. The high prevalence observed in this rural clinic is not representative of the low prevalence at a regional level.

Conclusion

HIV prevalence mapping highlights differences that were not visible using antenatal surveillance ; allows identifying most prevalent areas ; constitutes a monitoring and evaluation tool ; and suggest new research fields to investigate.

Cartographier la prévalence du VIH pour mieux comprendre l'épidémie : l'exemple du Burkina Faso à partir de l'Enquête Démographique et de Santé de 2003

Joseph LARMARANGE — 2010-03-31T12:23:00Z

Présentation réalisée à la 5^e Conférence Francophone sur le VIH/Sida.

Auteurs

J. Larmarange, R. Vallo, S. Yaro, P. Msellati, N. Méda, B. Ferry

Résumé

Objet

Depuis 2001, plusieurs Enquêtes Démographiques et de Sante (EDS) incorporent le dépistage du VIH. Pour de nombreux pays, il s'agit de l'unique source de données sur la prévalence du VIH en population générale à l'échelle nationale. Nous avons développé une approche générique pour cartographier la prévalence du VIH à partir des EDS (logiciel prevR disponible en ligne) et l'avons appliquée à l'EDS 2003 du Burkina Faso. Nous montrons ensuite comment nos résultats apportent un éclairage nouveau sur l'épidémie au Burkina Faso.

Méthodes

Une tendance spatiale régionale de la prévalence du VIH est calculée pour chaque zone enquêtée à partir de techniques en composantes d'échelle en ayant recours à des cercles de même effectifs et en tenant compte des principales agglomérations urbaines. Une carte est ensuite produite par interpolation spatiale selon la méthode du krigeage ordinaire. Elle reproduit les gradients spatiaux de la prévalence du VIH à des échelles infrarégionales (dans un rayon de 30 à 100 kilomètres).

Résultats obtenus

Les foyers d'infections se situent principalement au niveau des agglomérations urbaines : Ouagadougou, la capitale, mais aussi les principales villes situées sur les axes routiers vers le Mali et la Côte d'Ivoire.
La région entre Débougou et Gaoua est particulièrement touchée, ce qui n'était pas visible à partir de la surveillance sentinelle des femmes enceintes. Outre sa proximité avec la Côte d'Ivoire et le Ghana, elle est connue comme une zone importante d'orpaillage.
La carte obtenue présente des similitudes avec celle des zones migratoires traditionnelles du Burkina Faso et avec celle des retours de rapatriés burkinabés depuis la Côte d'Ivoire fin 2002.
Enfin, nos résultats montrent des divergences avec la surveillance sentinelle en milieu rural autour de Kaya. Cette dernière a observé une prévalence élevée qui, en fait, ne traduit pas l'épidémie régionale mais seulement un pic local.

Conclusion

La cartographie des prévalences met en évidence des différentiels non visibles via la surveillance sentinelle des femmes enceintes ; permet d'identifier les zones les plus touchées, constituant en cela un outil de planification et d'évaluation ; et suggère de nouvelles pistes de recherche à explorer.

Calculer des tendances régionales à partir d'une enquête auprès des ménages : cas de la prévalence du VIH dans les Enquêtes Démographiques et de Santé (EDS)

Joseph LARMARANGE — 2010-03-25T15:24:00Z

Communication orale présentée au 6^e Colloque francophone sur les sondages (Tanger, 23 au 25 mars 2010).

Auteurs

LARMARANGE Joseph, Centre Population & Développement UMR 196, Institut de Recherche pour le Développement, Paris
VALLO Roselyne, EA 4205, Université de Montpellier I, Montpellier
YARO Seydou, Centre Muraz, Bobo-Dioulasso
MSELLATI Philippe, SIDA et Maladies associées UMR 145, Institut de Recherche pour le Développement, Université de Montpellier I, Montpellier
MÉDA Nicolas, Centre Muraz, Bobo-Dioulasso
FERRY Benoît, Centre Population & Développement UMR 196, Institut de Recherche pour le Développement, Paris

Résumé

Les Enquêtes Démographiques et de Santé (EDS) constituent un important programme mené dans plus de 75 pays du Sud. Ces enquêtes portent sur des sujets variées et nombre d'EDS incorporent également la géolocalisation des zones enquêtées (longitude et latitude). Depuis 2001, plusieurs EDS ont intégré un module de dépistage du VIH.

Les EDS sont des enquêtes auprès des ménages, en population générale, représentatives usuellement au niveau national et régional, stratifiées par région et milieu de résidence, avec un sondage en grappe à deux degrés. Au premier degré, les grappes (zones de dénombrement au dernier recensement) sont sélectionnées avec une probabilité proportionnelle à leur nombre de ménages. La répartition spatiale de ces grappes reflète de fait la densité de la population. Au second degré, les ménages enquêtés sont sélectionnés par tirage au sort simple. Pour le dépistage du VIH, le nombre de personnes testées varie entre 5 000 et 12 000 et celui de grappes entre 300 et 500, soit un nombre moyen de personnes testées par grappe de 12 à 40 personnes.

Du fait des petits effectifs, le calcul d'une prévalence du VIH (proportion de personnes infectées) pour chaque grappe n'est pas pertinent : les prévalences observées par grappe traduisent plus les variations aléatoires de l'échantillonnage que les variations réelles des épidémies.

Les analyses spatiales en composantes d'échelles consistent à séparer un phénomène comme une somme d'une composante d'échelle supérieure (composante régionale) et une composante d'échelle inférieure (résidu local). Cette décomposition peut être obtenue en procédant à un lissage spatial, le plus souvent par des cercles de même rayon. Les EDS étant échantillonnées proportionnellement à leur population, une approche par cercle de même rayon est peu pertinente en raison de la répartition très inégale des grappes sur le territoire.

Nous avons développé une approche calculant les composantes régionales de chaque grappe en agrégeant les observations des grappes voisines par le biais de cercles de même effectif. Ces composantes régionales peuvent ensuite être interpolées spatialement pour produire une carte. L'estimation des composantes régionales de chaque grappe vise à réduire les aléas statistiques du tirage au second degré des EDS. L'interpolation spatiale, quant à elle, permet de compenser le tirage au premier degré.

Pour tester et vérifier notre approche, nous avons eu recours à un pays virtuel sur lequel nous avons simulé des EDS. Il est alors possible de comparer graphiquement les résultats obtenus après lissage des données d'enquêtes simulées avec l'épidémie initiale du modèle. De même, nous avons pu calculer les valeurs de N (effectif minimum des cercles de lissage) qui minimisaient simultanément les erreurs aléatoires et les résidus locaux.

Nous avons pu reconstituer les principales tendances régionales de l'épidémie du modèle. Ainsi, cette approche permet une première exploration des données présentes dans une EDS et d'obtenir des cartes plus fines que des aplats de couleurs par région administrative. Sa mise en œuvre est en outre aisée grâce à prevR, un package R que nous avons développé, disponible en ligne. Enfin, elle peut être appliquée à d'autres indicateurs des EDS.

Estimating spatial sub-national variations from demographic and health surveys data

Joseph LARMARANGE — 2010-01-20T17:12:34Z

Authors

Joseph Larmarange, Centre Francais sur la Population et le Developpement (CEPED)
Roselyne Vallo, Université de Montpellier I
Seydou Yaro, Centre Muraz
Philippe Msellati, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Nicolas Meda, Centre Muraz
Benoît Ferry, Centre Francais sur la Population et le Developpement (CEPED)

Abstract

For many countries, in particular in sub-Saharan Africa, Demographic and Health Surveys (DHS) are the only national source of data (depending of the subject). Several DHS collect latitude and longitude of surveyed clusters but the sampling method is not appropriate to derive local estimates : sample size is not large enough for a direct spatial interpolation. We develop in this paper a new approach for estimating a proportion for each sample cluster by aggregating data from neighbouring clusters. This estimated proportion can then be interpolated by kriging method. Estimation parameters were computed from 24500 survey simulations on a model country. This approach allows estimating regional trends of a phenomenon under the assumption that it is spatially continuous. The method was developed to map HIV prevalence in Burkina Faso and Cameroon at sub-national level but it can be applied to any other proportion. Our results will be compared with maps by DHS regions.

Estimating effect of non response on HIV prevalence estimates from Demographic and Health Surveys

Joseph LARMARANGE — 2009-06-20T13:41:00Z

Larmarange Joseph, Vallo Roselyne, Yaro Seydou, Msellati Philippe, Méda Nicolas, Ferry Benoît (2009). Estimating effect of non response on HIV prevalence estimates from Demographic and Health Surveys, CEPED's Working Papers, numéro 3, CEPED, Paris (http://ceped.org/wp), RIS, BibTeX.

Abstract

In most countries in Sub‐Saharan Africa, Demographic and Health Surveys (DHS) with HIV testing became the only measure of HIV prevalence in general population. Significant non response rates were often cited to explain differences between DHS results and estimations from sentinel surveillance in antenatal clinics. The objective of this paper consists to predict with multivariate models the prevalence of non tested persons in order to estimate the effect of non response on national HIV prevalence measure.

We used data from 9 DHS, conducted in sub‐Saharan Africa, where HIV results could be linked with data from household and individual questionnaires. Logistic regressions were performed for each country, separately for men and women 15‐49 years old, with a common set of predictor variables. For each group, adjusted prevalence was calculated by using observed prevalence for tested people and estimated probability to be HIV positive for non tested persons.

The non response rates in these 9 studies vary from 7.9% to 39.3%. Estimated prevalence of non tested persons is usually higher than observed prevalence of tested persons (13 groups on 18) Nevertheless, ratios of adjusted prevalence to observed prevalence remain relatively close to 1 (from 0.970 to 1.109). Differences between adjusted and observed prevalence is less than 0.32. A significant negative correlation was found between non‐response rates and ratios of non‐tested to tested, but there is no correlation between ratios of adjusted to observed prevalence and proportions of non‐tested.

The overall effect of non response biases on national HIV estimates tends to be small and remains inferior to sample variations. If adjustments need to be interpreted with caution due to the limited information available to predict the prevalence of non tested people, we can conclude that national population‐based surveys can provide quality and representative national HIV prevalence estimates.

Keywords

HIV Infections, Population surveillance, Health Surveys, Developing Countries, Prevalence Estimates.

Afrique subsaharienne : Quel outil de mesure du VIH ?

Joseph LARMARANGE — 2009-05-05T13:48:00Z

Larmarange Joseph (2009). “Afrique subsaharienne : Quel outil de mesure du VIH  ?”, Trasnversal, 48, ISSN: 1627-0428 (http://www.sidaction.org/e_upload/pdf/T48.pdf), RIS, BibTeX.

Selon le rapport 2008 de l'Onusida sur l'épidémie mondiale de sida, 33 millions de personnes dans le monde auraient été infectées par le VIH fin 2007, dont 22 millions en Afrique subsaharienne. Depuis 1998, ces estimations, révisées tous les deux ans, ont fortement varié : résultat différentes méthodes de mesure qui s'élaborent au fil du temps.

Décryptage...}

Comment les prévalences du VIH sont-elles estimées en Afrique subsaharienne ?

Joseph LARMARANGE — 2009-04-24T09:34:12Z

Larmarange Joseph (2009). “Comment les prévalences du VIH sont-elles estimées en Afrique subsaharienne  ?”, La Chronique du CEPED, RIS, BibTeX.

Introduction

Tous les deux ans, le programme commun des Nations unies sur le VIH/Sida (ONUSIDA) publie des estimations détaillées du nombre de personnes infectées par le VIH. Dans la dernière édition du rapport,le nombre de personnes (adultes et enfants) infectées par le VIH dans le monde est estimé à 33 millions en 2007, dont 22 millions en Afrique subsaharienne. Cette estimation, largement reprise par les médias et les acteurs de la lutte contre le Sida, a été révisée à maintes reprises ces dernières années, donnant l'impression que le nombre de personnes infectées a diminué alors qu'en réalité il a augmenté. Ces révisions successives ont semé le doute sur la qualité des estimations produites. Petit retour sur l'évolution des sources et des techniques.

Référence

Larmarange, J. (2009). Comment les prévalences du VIH sont-elles estimées en Afrique subsaharienne ? La Chronique du CEPED, (58), 1-4.

Enquêtes Démographiques et de Santé (EDS) et utilisation des données spatiales

Joseph LARMARANGE — 2009-03-11T21:13:21Z

Intervention dans le cadre d'une journée d'études organisée conjointement par l'UMR CEPED et le Secteur Cartographie de l'IRD et intitulée La dimension spatiale des comportements sociaux-démographiques : Aspects méthodologiques du traitement de l'information localisée.

- Communications / Prévalences du VIH (ANRS 12114), Méthodologie, Interpolation spatiale, Cartographie, EDS (Enquêtes Démographiques et de Santé), Afrique subsaharienne, prevR